為填補(bǔ)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)集在線整合,、分析平臺(tái)的空白，我院家禽遺傳育種團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了首個(gè)鵝多組學(xué)數(shù)據(jù)庫（Goose Multi-omics Database,，以下簡稱GMD）,。GMD能夠通過統(tǒng)一界面實(shí)現(xiàn)基因信息的便捷搜索、分析和可視化,，提供對(duì)表型性狀,、基因序列,、結(jié)構(gòu),、表達(dá)譜、基因組變異,、基因家族,、同源性和共線性的深入見解。此外,，GMD還集成了強(qiáng)大的分析工具,，如GBrowse和BLAST，可通過http://goosedb.com/訪問,。
作為一個(gè)多功能且直觀的在線存儲(chǔ)庫,，GMD可有效探索和分析與鵝相關(guān)的基因組數(shù)據(jù)。在“基因組”模塊中以圖形方式可視化了基因組結(jié)構(gòu)，展示基因組的結(jié)構(gòu)特征和基因分布,，使用戶能夠直觀地了解基因組的結(jié)構(gòu)和編碼基因的分布,。在“轉(zhuǎn)錄組”模塊中，研究人員可以定位基因在鵝基因組中的染色體位置,、分子長度和標(biāo)識(shí)符（基因ID）,。此外，該模塊還揭示了這些基因的結(jié)構(gòu)組成及其mRNA序列,。該模塊通過示意圖,、柱狀圖和詳細(xì)的定量分析，豐富了這些數(shù)據(jù),，展示了不同鵝組織中的基因表達(dá)情況,。在變異與表型模塊中，我們利用全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）技術(shù)系統(tǒng)性地將個(gè)體表型數(shù)據(jù)與基因組數(shù)據(jù)相關(guān)聯(lián),，為鵝的育種和性狀改良提供了重要的信息支持,。用戶可以直觀地觀察不同類型變異在染色體上的分布。
該研究獲得國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃（2023YFD1300300）,、國家水禽產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系重慶綜合試驗(yàn)站（CARS-42-51）和重慶市自然科學(xué)基金（CSTB2022NSCQ-MSX0434）等項(xiàng)目資助,，研究結(jié)果近期將發(fā)表在Poultry Science（中科院一區(qū)Top期刊，中國卓越計(jì)劃領(lǐng)軍期刊,，IF=3.8）,。
圖 本研究技術(shù)路線